Cresset-BMD Flare是一个综合药物设计平台,包括基于结构和基于配体的方法,通过高分辨率 3D 可视化以及对目标结构和潜在配体的深入分析,Flare 使用户能够高效且有效地优化和优先考虑新分子。
Flare V9 的功能包括:
- 蛋白质-配体复合物的智能导入和处理
- 准确可靠的蛋白质制备
- 配体制备,包括立体中心计数、盐剥离、pH 7 下质子化和互变异构体计数
- 序列比对和叠加
- 使用 Lead Finder 进行精确对接
- 先进的基于配体的构象搜索和比对
- 使用 FieldTemplater 构建药效基团
- 静电互补图和分数
- 蛋白质相互作用势
- 使用 Activity Atlas 和 Activity Miner 进行定性结构-活动关系分析
- 使用 Field QSAR 和机器学习方法的回归和分类的定量 SAR 模型
- 枚举基于 100 多种流行的合成化学反应生成库和阵列
- 使用 Hit Expander 对命中化合物或先导化合物进行化学探索
- R组分解与分析
- 使用 Spark 进行支架跳跃和生物等排体替换
- 分子力学/广义玻恩表面积 (MM/GBSA) 计算单个蛋白质构象或分子动力学构象集合上的配体-蛋白质结合自由能
- 配体的量子力学计算
- 自由能扰动模拟
- 支持开放力场
- 分子动力学
- 自动创建配体的自定义扭转参数以支持动力学和 FEP 计算
- 3D-RISM 水分析
- 基于 MD 的 GIST 水热力学分析
- 口袋检测可识别感兴趣的蛋白质靶标中潜在的药物结合位点
- 同源建模可为感兴趣的目标创建可靠的 3D 结构
- 配体和结合位点能量学的 WaterSwap 分析
- 使用 XED 和 OpenMM 最小化蛋白质配体复合物
- Flare Python API
加速小分子发现
-Flare 客户,通常是制药、生物技术、学术界和其他行业的计算和药物化学家,将该平台视为他们的“计算工具箱”。该软件使他们能够仔细检查配体-蛋白质复合物的细节,使用多种方法获得对其蛋白质靶点和配体系列的有用见解。作为我们功能最齐全的软件包,基于配体和基于结构的药物设计人员都可以满怀信心地进行先导化合物优化。
-通过仔细检查广泛的想法组合并应用多种方法,可以将大量分子减少到一个小集合,只允许将最好的分子移交给实验室实验。其结果不仅是时间、精力和实验室资源的极大减少,而且还为后期药物开发提供了最大的成功机会。
基于配体的药物设计软件组件
-基于配体的药物设计师利用 Flare 根据其分子的形状、静电和结合活性来仔细检查、比较和优先排序。通过预测新化合物的活性和 ADMET 特性的稳健 QSAR 模型,用户可以对整个先导化合物组合建立信心和理解。
基于结构的药物设计软件组件
通过对接和评分、Electrostatic Complementarity™、分子动力学、口袋分析和水分析(GIST 和 3D-RISM)等多种方法,基于结构的药物设计人员可以获得对蛋白质-配体结合的新见解。基于围绕配体和蛋白质静电学的既定专有方法,结合我们自己最好的内部和开源研究,用户能够充分了解其目标结构的特征和相互作用。
-支持药物化学家更有效地获得结果
-充满信心地推进先导化合物优化
-优先选择最好的分子来制造
– 使用高分辨率 3D 图形可视化目标结构和潜在配体
-全面了解分子相互作用和结合
-使用尖端的自由能微扰 (FEP) 计算准确预测同类配体的活性
-建立活性和 ADME 特性的预测 QSAR 模型
-深入了解配体的 SAR
-得益于 Flare 与 Torx® 的无缝集成,可以在整个 DMTA 周期内与同事进行沟通
系统要求
操作系统:Windows 10/11
内存:6GB
CPU:Intel i7 处理器或同等处理器
磁盘空间:10GB
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